Depuis qu'il a rencontré la shinigami Rukia Kuchiki, Ichigo Kurosaki doit l'aider à combattre les Hollows. Ayant enfin réussi à sauver Rukia de l'échafaud, au Seireitei, il découvre la conspiration d'Aizen ayant pour but la hollowmorphose ! Ce dernier, à la tête des Arrancar, a déclaré la guerre !
Arrive alors le jour de la bataille ! Alors que les 13 divisions se dirigent vers Karakura, Ichigo fonce vers Las Noches au secours d'Orihime.
Cette chaîne d'événements trouve sa source à Soul Society, 110 ans auparavant... Après que Kisuke Urahara a pris le commandement de la 12e division, survient l'affaire des disparitions d'âmes. La troupe envoyée sur les lieux a été décimée et le capitaine de la 5ª division, Hirako, y découvre Aizen, son vice-capitaine !